Das KBA wurde am 4. August 1951 mit der Verabschiedung des Gesetzes über die Errichtung eines Kraftfahrt-Bundesamtes gegründet und übernahm die Aufgaben der drei Vorgängerbehörden. Im Jahr 1952 erfolgte der Umzug von Bielefeld nach Mürwik, einen Stadtteil Flensburgs. Es bezog mit 220 Mitarbeitern zunächst die Bonte-Kaserne bei Sonwik. Ende des Jahres 1952 war die Mitarbeiteranzahl bereits auf 300 gestiegen. Kurz darauf wurde ein großer Neubau des Architekten Carl-Friedrich Fischer an der Fördestraße errichtet. Der Grundstein des Hochhauses wurde im Dezember 1961 gelegt. Der Neubau konnte 1965 bezogen werden. Zur Eröffnung am 7. September 1965 hielt der Bundesmister für Verkehr eine Rede. Das KBA befindet sich seitdem am südlichen Rand des Militärkomplexes der Marineschule Mürwik in der Fördestraße 16.